Hiện nay có rất nhiều trường phái tranh luận về nguồn gốc của phong thủy, có trường phái thì cho rằng phong thủy xuất phát từ Trung Hoa, trường phái thì cho rằng phong thủy là của nền văn minh người Việt cổ với đường biên giới từ phía nam sông Dương Tử (Hồ Nam, Trung Quốc ngày nay) người Hán đã Hán hóa các văn thư cổ và tự nhận là của họ... Nhưng cho đến nay thì chính những nhà phong thủy lỗi lạc của Trung Quốc như Thiệu Vĩ Hoa cũng không thể giải thích được thuật phong thủy xuất phát từ nơi đâu mặc dù họ vẫn cho là của người Hán.

Thuật phong thủy hình thành rất sớm, có thể nói gần như cùng với sự ra đời của loài người. Ngay từ thời thượng cổ con người đã chú ý đến ảnh hưởng của hoàn cảnh tự nhiên đối với nơi cư trú của loài người, nên đã tiến hành lựa chọn một cách có chủ đích. Nguyên sơ của phong thủy là những kinh nghiệm về sinh họat như khoét đá, đào hang, làm nhà... Từ cuộc sống thực tế, phải chống chọi với thú dữ, chống lại cả sự tấn công của đồng lọai, phải chống chọi với sự khắc nghiệt của thiên nhiên, con người đã biết chọn những vị trí cư trú có núi non che chở bao bọc, lại gần sông ngòi, nguồn nước.

Từ thời thượng cổ, con người sống theo lối du canh, du cư, trải qua một quá trình tiến hóa đến định canh, định cư và mới bắt đầu chú ý đến nơi ăn ở sao cho thích hợp, chọn địa điểm cư trú làm sao cho tiện lợi rồi tiến tới kiến tạo phòng ốc để ở cho thật an lành, thoải mái, giàu có...

Những kinh nghiệm về cư trú được tích lũy từ đời này qua đời khác đã hình thành nên phong thủy học.

Thời sơ kì, con người chọn đất làm nhà, chủ yếu là muốn an toàn. Thường phải chọn nợi đất cao ráo vì sợ lũ lụt hoặc thú dữ tấn công. Để tránh mưa to, gió lớn, người ta dần dân biết cách chọn vùng đất hướng về Mặt Trời, khuất gió.

Tại Trung Quốc, từ đời nhà Chu, con người đã đặc biệt chú trọng nơi cư trú. Con người đã biết chọn đất xây nhà tại vùng bình nguyên, đây là vùng đất mầu mỡ, có thể canh tác nông nghiệp thuận lợi. Gần nguồn nước mà vẫn tránh được lụt lội, tai hoạ thời tiết, thiên tai.

Thời kì Tiên Tần, do trình độ khoa học còn thấp, các hình thức bói toán dự đoán cát hung thịnh hành trong xã hội gắn liền với hoạt động xây dựng nhà ở và mai táng. Các văn hiến như Bốc trạch, Bốc cư, Bốc lạc phản ánh tình hình đương thời. Đồng thời các học thuyết âm dương, ngũ hành, bát quái Chu Dịch, Thiên văn Hà Lạc cũng phát triển mạnh, áp dụng vào lĩnh vực Bốc trạch, Bốc cư, (bói chọn nhà ở và mồ mả). Phong thủy nhờ đó có được cơ sở tư tưởng triết học cần thiết.

Thời Lưỡng Hán, đã xuất hiện các trước tác về phong thủy như Cung trạch địa hình, Kham dư kim quý. Các học thuyết Hình pháp gia, Kham dư gia cũng mang nội dung phong thủy. Mối quan hệ giữa nhà ở và mồ mả với cát hung họa phúc của con người đã trở nên rất mật thiết, đồng thời xuất hiện những người chuyên thực hiện hoạt động phong thủy. Điều này gắn liền với vô số sấm vĩ (câu sấm) và hàng loạt điều cấm kỵ mang tính chất mê tín đang thịnh hành trong xã hội đương thời.

Thời kì Ngụy Tấn Nam Bắc triều, quan niệm nhà ở và mồ mả gắn với cát hung họa phúc của con người được tầng lớp sĩ đại phu tiếp nhận rộng rãi, thậm chí vua chúa cũng hoàn toàn tin vào thuật phong thủy.

Tại Việt Nam, phong thủy có từ thời vua Hùng, các cung điện đền thờ đều được xây dựng với sự hợp lí cao về phong thủy. Đặc biệt trong các đền thờ còn có ban thờ tôn vinh nền phong thủy của người Việt cổ.

Trải qua lịch sử phát triển của các triều đại, đời nào cũng có những học giả kế tục và phát triển thuật phong thủy.

Trong lịch sử phát triển, thuật phong thủy hình thành nên nhiều trường phái khác nhau, mỗi trường phái có phương pháp lí luận và ứng dụng riêng, dựa trên những suy luận khác biệt nhau, thậm chí có khi đối lập nhau. Cho đến nay, phong thủy vẫn còn nhiều điểm chưa rõ ràng, thống nhất vẫn còn mang nhiều sự huyền bí.

Ngày nay dù ở Phương Tây hay ở Phương Đông khi xây dựng nhà ở đều phải chọn những vị trí hợp với môi trường địa lí xung quanh địa bàn, dù theo một lối kiến trúc nào thì cũng phải căn cứ vào địa thế xung quanh để tạo dựng một kiến trúc đẹp về thẩm mĩ, lợi về sinh hoạt. Phong thủy dù còn vẻ huyền bí nhưng rất thực tế và gần gũi với đời sống con người.